Ahoj,
toho tmavnutí stonku se neboj - to jen dřevnatí stonek, běžná věc. Jinak Ciliegia by si podle vzrůstu zasloužila již větší květináč a ta v tim tmavým kelímku na poslední fotce taky, u toho ostatního si to netroufnu odhadnout. Zjistíš to nejjednodušeji tak, že ty chilli v těch světlých kelímkách od jogurtu si dáš proti světlu (prosvítíš) - když uvidíš na vnitřní straně kelímku spleť kořenů, které se točí dokola, tak je čas na přesazení. Aspoň, takhle to dělám já, když to mám v 0,5l kelímkách od piva - zkušenější třeba poradí lepšího techniku.
Ta stagnace může být z různých příčin - od nedostatku místa (můj favorit), šoku po přesazení (nepsala jsi) až třeba po to mizerné počasí s nízkou teplotou (ven to asi nedáváš), které je teď. Zkus napsat, jestli jim přisvětluješ, jestli je nedáváš ven, zda hnojíš apod.
P.S. Příště při přesazení je dávej rozhodně hlouběji, teď ti u některých lezou i jiffy.